A estrutura arquitetônica do prédio impedia que fossem implementados os preceitos do Tratamento Moral, não havendo condições para separar os indivíduos por sexo, ou por moléstias. Também a falta de pessoal e de material, somada à superpopulação do estabelecimento dificultava a implementação dos demais preceitos (Fraletti, 1987). Os castigos físicos e a contenção mecânica eram os únicos meios empregados no trato com os alienados.

Em Salvador, em 1874, a inauguração do Asilo de São João de Deus também foi produto de uma intensa movimentação promovida pelos médicos baianos durante dezesseis anos, conforme Jacobina (1982). Lá, como no Rio de Janeiro, a construção do hospício resultou de uma associação entre o governo provincial e a Santa Casa de Misericórdia, a quem foi atribuída a manutenção financeira do estabelecimento e a destinação de pessoal.

No período compreendido entre 1874 a 1882, diferentemente do que ocorrera nos demais asilos então existentes no país, a direção administrativa do hospício foi assumida pelos próprios alienistas, o que, para Jacobina (1982), foi obtido devido às posições políticas que os médicos baianos possuíam no aparelho estatal e à eficácia de seu discurso no sentido de transformar a questão da loucura numa questão eminentemente médica.

A concentração da direção técnica e administrativa pelo alienista possibilitou a organização da vida e do espaço asilar sob uma racionalidade médica e conseqüentemente a introdução do Tratamento Moral. O primeiro diretor, Demétrio Tourinho, além de distribuir os alienados por sexo e comportamento (agitados/tranqüilos, agudos/crônicos), introduziu o sistema não restritivo, os exercícios, aulas de música e sala de costura. O terceiro diretor, Circundes de Carvalho, construiu a casa de banhos, que garantiu o emprego da hidroterapia, e estabeleceu o regime de open-door. Empregavam-se também medicamentos, mas estes eram considerados, pelos médicos baianos, meramente paliativos no tratamento da alienação. Contudo, as medidas repressivas para contenção dos alienados continuariam sendo empregadas, apesar de sua utilização depender de pescrição médica a partir de então. A implementação efetiva destes procedimentos, bem como da vigilância e do controle direto dos internados era delegada aos guardas e enfermeiros.

Para Tourinho apud Jacobina (1982) a participação do pessoal de enfermagem era fundamental para a efetiva implementação do Tratamento Moral, constituindo um prolongamento da figura do alienista junto aos internados. Entretanto, no entender dos alienistas, o pessoal de enfermagem não era composto por pessoas idôneas, o que acarretava excessos no emprego das medidas coercitivas, prejudicando a realização do tratamento. Ele recomendava, então, que a seleção de enfermeiros e guardas para trabalhar no hospício seguisse certos critérios. Os funcionários deveriam ser "indivíduos inteligentes e ativos, mas também robustos, como precaução para os fracassos dos procedimentos brandos e persuasivos" (Jacobina, 1992, p.62). O que mostra a contradição do discurso dos alienistas que, apesar de não abolirem o uso de medidas coercitivas, atribuíam às características do pessoal de enfermagem a responsabilidade pelo exercício da violência.

Naquele período o hospício tornou-se um importante campo de pesquisa e de ensino para os primeiros psiquiatras da Bahia, lá desenvolvendo-se bastante os estudos anátomo-patológicos e, a partir do final do século XIX, a medicina legal. Todavia, já nos primeiros dez anos de existência e depois, nos períodos subseqüentes, a falta de verbas, a superlotação e a insalubridade constituíram um entrave para a execução das propostas terapêuticas.

Segundo Jacobina (1982), a crise financeira por que atravessou o hospício desde os seus primeiros anos levou a Santa Casa a destituir os alienistas da direção administrativa, entregando-a a administradores leigos, de 1882 a 1912, sob o argumento de que a manutenção do hospício tornara-se muito onerosa para um estabelecimento que, na prática, deveria cumprir tão somente a função de exclusão de elementos que perturbassem a ordem pública.

Durante o período em que estiveram afastados da direção do hospício, constante e veementemente, os alienistas criticaram publicamente as condições de insalubridade, de estrutura física e a organização interna do asilo, atribuindo-as à administração leiga. No seu modo de ver, havia uma incompatibilidade entre uma administração leiga, que nada entendia sobre tratamento de alienados, e a proposta de transformar o asilo num instrumento de cura. Daí, empreenderam intensa pressão para que o Estado assumisse a administração do hospício e a atribuísse a pessoas competentes para tanto, ou seja, os próprios alienistas.

Em Porto Alegre, o Hospício São Pedro, criado pelo Presidente da então Província do Rio Grande do Sul, através da Lei Provincial no. 994, de 13 de maio de 1874, seria inaugurado somente dez anos depois. Entretanto, nos primeiros anos que se seguiram à inauguração, em 29 de junho de 1984, a administração do estabelecimento foi delegada à Santa Casa de Misericórdia, que fora a instituição responsável pelo asilo dos alienados até aquele momento. O funcionamento do estabelecimento psiquiátrico foi disciplinado pelo Regulamento do Hospício São Pedro, criado pelo Presidente da Província pelo Ato no.58A, de 13 de junho de 1884 , no qual, por determinação deste, cabia ao Provedor da Santa Casa administrar a verba orçamentária destinada ao Hospício pelo governo da Província, designar o pessoal a ser contratado e nomear a administração superior do Hospício. No artigo 7o., encarregava-se o Administrador do serviço econômico do hospital e no artigo 9o., estabelecia-se que ao médico, designado pelo Provedor, caberia a direção do serviço sanitário e a proposição da nomeação e demissão dos enfermeiros ao administrador, dentre outras competências relacionadas ao tratamento médico dos internados. Todavia, segundo previa o Regulamento, a admissão e a saída dos pacientes do Hospital era de competência do Provedor.