Ao contrário dos estabelecimentos psiquiátricos do Rio de Janeiro, os demais eram geridos pelos governos estaduais, que até os anos 30 possuíam uma certa autonomia em relação ao nível federal.

Em São Paulo, o Hospício e as Colônias do Juqueri estavam subordinados diretamente à Secretaria do Interior. Na metade dos anos 20, ele passou a chamar-se Hospital do Juqueri e recebe um novo regulamento, através do decreto no. 3869, de 3 de julho de 1925. Neste decreto redefiniram-se as atribuições do diretor, dos médicos, dos internos, do pessoal de enfermagem e de outros trabalhadores que ali atuavam. Estabeleceu-se que o diretor deveria ser nomeado pelo Presidente do Estado.

Segundo Pacheco e Silva (1945), a partir do decreto estadual no. 4802, de 24 de dezembro de 1930, foi criada a Diretoria Geral de Assistência a Psicopatas que passou a centralizar a administração dos vários estabelecimentos que compunham o Hospital do Juqueri num único órgão, cuja direção lhe foi atribuída. A ele estavam subordinadas quatro vice-diretorias: a da clínica psiquiátrica, a do hospital central, a das colônias e a do manicômio judiciário. O último foi contemplado com um novo prédio em 1933, o que possibilitou a separação dos psicopatas que haviam cometido crimes.

Durante o período de 1930 a 1938, em que esteve na Diretoria Geral, Pacheco e Silva tratou de ampliar o número de pavilhões existentes, de dotar o hospital de laboratórios para pesquisa anatomopatológica e de estimular a experimentação de novos métodos terapêuticos. Ainda nos anos 30, a sede da Diretoria Geral de Assistência a Psicopatas seria transferida para São Paulo. Além disso, nos anos 30 investiu-se na criação de hospitais psiquiátricos nas cidades do interior do estado e reformou-se o antigo recolhimento, situado nas Perdizes, criando-se dois postos de atendimento de emergência, um para cada sexo, nos bairros da Penha e das Perdizes, para desafogar o Juqueri, que já nos anos 30 contava com uma população de quatro mil internos (Pacheco e Silva, 1945).

No Rio Grande do Sul, o funcionamento e a organização político-administrativa do Hospital São Pedro passou a ser regido por um novo regulamento, aprovado pelo Decreto no. 3550, de 29 de dezembro de 1925 do Governo do Estado, que introduziu uma série de modificações no tocante à estruturação do estabelecimento. A partir de então, o Hospício passou a chamar-se Hospital São Pedro e as disposições de seu regulamento estenderam-se também à Colônia do Jacuí (Rio Grande do Sul, 1926), construída fora dos limites do hospital, no município de São Lourenço, distante aproximadamente noventa quilômetros de Porto Alegre (Godoy, 1952). Desde 1925, o Hospital São Pedro estava subordinado à Secretaria de Estado do Interior e Exterior e cabia ao Presidente do estado a nomeação de um psiquiatra para ocupar o cargo de diretor, a quem competia tanto a direção técnica quanto a administrativa.

No referido regulamento, previa-se que a sustentação financeira do estabelecimento deveria ocorrer mediante a contribuição dos pensionistas, a subvenção das intendências municipais e do governo estadual e à renda do patrimônio. Isso explica o empenho da direção da época no sentido de criar recursos para a auto-sustentação do hospital, na medida em que as dotações públicas previstas no regulamento eram escassas [19]. Estabeleceu-se ainda a composição do serviço técnico e administrativo, no qual incluiam-se os médicos e o pessoal de enfermagem, assim como definiam-se as atribuições das diferentes categorias profissionais e suas respectivas posições na estrutura hierárquica do hospital. Ocorre uma ampliação numérica de cargos para médicos e do pessoal de enfermagem.

Dois anos depois, o decreto no. 3704 de 11 de novembro de 1927, extinguiu os cargos de diretor do Hospital São Pedro e do Manicômio Judiciário, ao mesmo tempo em que criou o cargo de Diretor da Assistência aos Alienados do Estado. Com este instrumento legal centralizou-se em um único órgão os três estabelecimentos psiquiátricos públicos existentes no Rio Grande do Sul, sob a direção político- administrativa de um único dirigente. Naquele ano, tal cargo foi assumido pelo psiquiatra Jacintho Godoy, que desde 1913 ocupava o cargo de diretor do Manicômio Judiciário, o que representou, pela primeira vez, a ocupação do cargo de direção dos estabelecimentos psiquiátricos do Estado por um especialista.

Na década seguinte, a partir do decreto no.7229, de 13 de abril de 1938, a assistência psiquiátrica riograndense sofreu outras modificações de caráter político-administrativo. A Assistência aos Alienados do Estado passou a chamar-se Diretoria Geral de Assistência a Psicopatas e torna-se um dos órgãos afeitos ao Departamento de Saúde, que por sua vez estava subordinado à Secretaria do Interior e Justiça. Ademais, seu quadro de pessoal técnico foi reorganizado, sendo significativamente ampliado o número de seus funcionários. Os profissionais de nível de escolaridade superior foram separados dos demais funcionários, sendo os primeiros agrupados sob a designação de Pessoal Técnico e os últimos sob a denominação de Auxiliares do Pessoal Técnico. No interior de cada categoria estabeleceu-se uma outra divisão hierarquizada entre os profissionais, correspondente às posições que deveriam ocupar nos diversos serviços do hospital.

Ainda nos anos 30, um terreno próximo ao Hospital foi adquirido pelo governo estadual e lá foram instalados os doentes que viviam na Colônia Agrícola do interior do estado. No final da década é inaugurado o serviço aberto, cujo funcionamento será discutido adiante.